Rで解析：表の作成が簡単です「gtsummary」パッケージ

表の作成は大変時間がかかり手間なものです。そんな問題を解決するパッケージの紹介です。本パッケージには基本の表を作成する「tbl_summary」コマンド、回帰モデルの結果を表にする「tbl_regression」コマンド、「表の体裁」や「各種検定を実施し表に追加」するコマンドが多数収録されています。なお、表のファイルへの出力はRStudioを利用すると簡単です。ファイルは画像やhtmlで保存が可能です。

紹介では基本の表を作成する「tbl_summary」コマンド 例とパッケージで 実施可能な検定をまとめました。

パッケージバージョンは1.5.1。実行コマンドはwindows 11のR version 4.1.2で確認しています。

パッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("gtsummary")

実行コマンド

詳細はコマンド、パッケージのヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み
library("gtsummary")
#tidyverseパッケージがなければインストール
if(!require("tidyverse", quietly = TRUE)){
  install.packages("tidyverse");require("tidyverse")
}

###データ例の作成#####
set.seed(1234)
TestData <- tibble(Group = sample(paste0("Group", 1:2), 100,
                                  replace = TRUE),
                   Data1 = sample(50:200, 100, replace = TRUE),
                   Data2 = sample(0:10, 100, replace = TRUE),
                   Data3 = sample(LETTERS[1:3], 100, replace = TRUE))
#確認
TestData
# A tibble: 100 x 4
  Group  Data1 Data2 Data3
  <chr>  <int> <int> <chr>
1 Group2   145     8 A    
2 Group1   132     6 C    
3 Group2   179     4 B    
4 Group2    56     8 C    
5 Group1   136     5 B    
6 Group1   149     1 A    
7 Group2   174     0 A    
8 Group1    55     0 A    
9 Group1    64     6 C    
10 Group2   188     4 C    
# ... with 90 more rows
########

#データをテーブルに変換:tbl_summaryコマンド
#単純に変換
TestData %>%
  tbl_summary()

#Groupで分割し変換
#分割指標を設定:byオプション
TestData %>%
  tbl_summary(by = Group) %>%
#列を追加
  add_n() %>% 
#検定結果を追加:add_pオプション
#各種検定の検定コマンドに引数を渡す:test.argsオプション
#例では分散が等しいと仮定して"t.test"を求める
#各種検定詳細は記事内を確認くしてください
  add_p(test = list(all_continuous() ~ "t.test",
                    Data3 ~ "chisq.test"),
        test.args = all_continuous() ~ list(var.equal = TRUE)) %>%
#先頭行の内容設定:modify_headerオプション
#**で囲むと太字になります,以下同様
  modify_header(label = "**指標**", p.value = "**P**") %>%
#先頭行を分割する  
  modify_spanning_header(list(all_stat_cols() ~ "KARADA GROUP",
                              starts_with("p.value") ~ "**p-value**")) %>%
#脚注の内容設定:modify_footnoteオプション
  modify_footnote(all_stat_cols() ~ "median (IQR) for KARADANI; N (%) for IIMONO") %>%
#表題の内容設定:modify_footnoteオプション  
  modify_caption("**KARADA-GOOD** (N = {N})")

出力例

実施可能な各種検定

左から適応可能なコマンド、add_p(test)に設定する書式、説明、バックで動作している検定コマンドです。パッケージヘルプを参照し作成しました。

少しでも、あなたの解析が楽になりますように！！