Rでお遊び：変わったプロットfishPlotの「fishiplot」パッケージ

かなり変わったfishplot作成のパッケージです。使い方、親子関係を指定するベクトルParentsの謎を解き明かしながら使用してください。

パッケージバージョンは0.1。実行コマンドはwindows 7およびOS X 10.11.2のR version 3.2.4で確認しています。

パッケージのインストール

下記、コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages(c("Hmisc","plotrix","png"))
install.packages("devtools")
devtools::install_github("chrisamiller/fishplot")

実行コマンド

詳細はコメント、パッケージのヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み
library("fishplot")
#時系列データの作成
TimePoints <- c(0,30,75,150)
#プロットデータの作成
PlotData <- matrix(c(100, 45, 00, 00,
                        02, 00, 00, 00,
                        02, 00, 02, 01,
                        98, 00, 95, 40),
                      ncol = length(TimePoints))
#親子関係を指定するベクトル
Parents <- c(0,1,1,3)
########

#FishPlotデータの作成:createFishObjectコマンド
FishPlotData <- createFishObject(PlotData,
                                    Parents,
                                    TimePoints)

#FishPlotデータに描写領域を付与:layoutClonesコマンド
FishPlotData <- layoutClones(FishPlotData)

#FishPlotを描写:fishPlotコマンド
#線の引き方を指定:shapeオプション;"spline","polygon","bezier"が指定可能
#データ毎の枠線の色:borderCol
fishPlot(FishPlotData, shape = "spline", title.btm = "TEST",
         borderCol = "blue", cex.title = 0.5, vlines = c(0,150),
         vlab = c("day 0","day 150"))

#例えばデータ毎の塗色を変える場合
FishPlotData@col <- c("blue", "green", "yellow", "black")

出力例

・fishPlotコマンド

少しでも、あなたのウェブや実験の解析が楽になりますように！！