Rで解析：巨大データもラクラクヒートマップ！「zh」パッケージ

セルの色や細かい設定はできませんが、100万ほどのデータもヒートマップで描写でしウェブブラウザで表示することが可能なパッケージの紹介です。なお、Rのバージョンが3.3.1以上必要です。

パッケージバージョンは0.0.0.9000。実行コマンドはメモリが16GBのwindows 7およびOS X 10.11.5のR version 3.3.1で確認しています。

パッケージのインストール

下記コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("devtools")
#R初期状態でインストール時にエラーが出たので
#念のため以下のパッケージをインストール
install.packages(c("RCurl", "purrr", "xml2"))
devtools::install_github("w9/zh")

実行コマンド

詳細はコマンド、パッケージのヘルプを確認してください。

#パッケージの読込
library("zh")

###データ例の作成#####
TestData <- matrix(rnorm(1000000), 1000)
rownames(TestData) <- paste0("RowName", seq(1000))
colnames(TestData) <- paste0("ColName", seq(1000))
########

#ヒートマップの作成:zhコマンド
#データの指定:matオプション
#Rのviewerを使用:use_viewerオプション
#行列ラベルの表示:display_rownames,display_colnamesオプション
zh(mat = TestData, use_viewer = FALSE, display_rownames = TRUE,
   display_colnames = TRUE)

出力例

実行コマンドで表示した結果の一部を切り取り紹介します。

少しでも、あなたの解析が楽になりますように！！