Rで解析：ヒートマップにグラフの追加が簡単です！「superheat」パッケージ

データの特徴をヒートマップで確認するパッケージです。色々な使い道があると思います。y軸方向に箱ひげ図や棒グラフなどを追記することができます。

出力を元に、議論することで新たな解釈が作り出せると考えます。ぜひ、各種資料に活用ください。

詳細はパッケージヘルプを確認してください。グラフィカルにデータの特徴を確認できるので便利なパッケージです。

パッケージバージョンは1.0.0。実行コマンドはR version 4.2.2で確認しています。

パッケージのインストール

下記、コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("devtools")
devtools::install_github("rlbarter/superheat")

実行コマンド

詳細はコメント、パッケージのヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み
library("superheat")

#scalesパッケージがなければインストール
if(!require("scales", quietly = TRUE)){
  install.packages("scales");require("scales")
}

###データ例の作成#####
n <- 30
TestData <- data.frame(Group = sample(paste0("Group", 1:5), n, replace = TRUE),
                       Data1 = rnorm(n),
                       Data2 = rnorm(n),
                       Data3 = rnorm(n) + rnorm(n) + rnorm(n))
#######

#色の指定:scalesパッケージ
x <- seq(0, 1, length = 5)
ColData <- seq_gradient_pal(c("#e1e6ea", "#505457", "#4b61ba", "#a87963",
                                       "#d9bb9c", "#756c6d", "#807765", "#ad8a80"))(x)
                                       
#ヒートマップの描写:superheatコマンド
#x軸の設定:Xオプション
#y軸の設定:yrオプション
#y軸のグループ分割:membership.rowsオプション
#y軸補助プロット内容:yr.plot.typeオプション;
#scatter","bar","boxplot","scattersmooth","smooth","scatterline","line"の設定が可能
#ヒートマップの色設定:heat.palオプション
#y軸ラベルの色設定:left.label.palオプション
#x軸ラベルの大きさ:bottom.label.text.sizeオプション
#x軸の向き:bottom.label.text.angleオプション
#y軸の大きさ:left.label.text.sizeオプション
#y軸の向き:left.label.text.angleオプション
superheat(X = TestData[, 2:3], 
          yr = TestData[, 4],
          membership.rows = TestData[, 1],
          yr.axis.name = "TEST NAME",
          yr.plot.type = "scatterline",
          heat.pal = ColData,
          left.label.col = ColData,
          bottom.label.text.size = 0.3,
          bottom.label.text.angle = 90,
          left.label.text.size = 5,
          left.label.text.angle = NULL
          )

出力例

・superheatコマンド

少しでも、あなたのウェブや実験の解析が楽になりますように！！