Rで解析：お手軽！データをネットワークで表示「qgraph」パッケージの紹介

Rにはネットワーク図を作成するパッケージがいくつかあります。その中で、使い勝手が良い「qgraph」を紹介します。直感的に使用できるパッケージです。ぜひ、ヘルプを確認し使用してみてください。データからネットワーク図を作成する事で意外な発見があると思います。

パッケージバージョンは1.9.3。windows11のR version 4.2.2で確認しています。

パッケージのインストール

下記のコマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("qgraph")

実行コマンド

例を4つ紹介します。詳細はコメント並びにパッケージのヘルプを確認してください。

[code language="R"]
#パッケージの読み込み
library("qgraph")

###例1#####

#データの読み込み
data(big5)
data(big5groups)

#big5のデータの相関を求め、big5groupsデータでグループ分類
#なお、グループ分類データは、行で指定したリスト形式
Q <- qgraph(cor(big5), minimum = 0.25, cut = 0.4, vsize = 1.5,
               groups = big5groups, legend = TRUE, borders = TRUE)

#必要があればタイトルをプロット
#title("Big 5 相関", line = 2.5)

###例2-1#####
#変数に格納する事で二次利用が可能です。
Q <- qgraph(Q, layout = "spring")
###例2-2#####
#PCAのプロットで良くある表現、グループの範囲を表示
qgraph(Q, overlay = TRUE)

###例3#####
#こんなグラフも描写できます。
#方向は行から列にデータを入力です。コマンド実行後adjを確認してください。
set.seed(1)
adj <- matrix(sample(0:1, 10^2, TRUE, prob = c(0.8, 0.2)), nrow = 10, ncol = 10)
Q <- qgraph(adj)

###例4#####
#サブプロットをリストに格納
qgraph(matrix(1, 3, 3), subplots = list(expression(curve(dgamma(x, 2, 2), 0,
                                                         4, main = "")), expression(hist(rnorm(100), main = "")), NULL), vsize = 20)

出力例

例1

例2-1

例2-2

例3

例4

少しでも、あなたの解析が楽になりますように！！