円の重なりで共通の要素を表現するベン図をヒートマップで表現するパッケージの紹介です。何に使用するのか、一瞬迷いますが非常に便利な表現方法かと思います。
パッケージバージョンは0.0.1。実行コマンドはwindows 7およびOS X 10.11.2のR version 3.2.4で確認しています。
パッケージのインストール
下記コマンドを実行してください。
#パッケージのインストール
install.packages("bioplots")
実行コマンドの紹介
詳細はコマンド、パッケージのヘルプを確認してください。
#パッケージの読み込み
library("bioplots")
###データ例の作成#####
TestData <- matrix(rnbinom(90, size = 10, prob = 0.2), nrow = 10, ncol = 9)
colnames(TestData) <- paste0("Group", 1:9)
rownames(TestData) <- c("a", "b", "c", "d", "ab", "ac", "ad", "bc", "bd", "cd")
#内容確認
TestData
Group1 Group2 Group3 Group4 Group5 Group6 Group7 Group8 Group9
a 36 54 60 17 57 21 36 27 24
b 38 18 27 63 53 20 42 12 42
c 40 36 73 31 25 36 15 56 21
d 44 20 50 30 38 37 55 14 26
ab 30 37 17 25 59 22 11 72 16
ac 45 39 35 44 51 81 44 34 26
ad 29 54 34 35 65 59 22 30 32
bc 36 54 28 49 46 46 50 60 31
bd 42 29 59 42 48 40 59 35 41
cd 42 24 42 44 45 36 31 38 31
########
#ヒートマップの作成:heatmap.overlapsコマンド
#凡例タイトル:legendオプション
#X軸ラベル:xlabオプション
#Y軸ラベル:ylabオプション
heatmap.overlaps(TestData, legend = "Test",
xlab = "X Test", ylab = "Y Test",
x.axis.angle = 90)
出力例
・heatmap.overlapsコマンド
少しでも、あなたの解析が楽になりますように!!