Rで解析：マイクロプレートの結果を簡単にプロット！！「ggplate」パッケージ

研究で使用するマイクロプレートの結果を簡単にプロット可能なパッケージの紹介です。「6,12,24,48,96,384」ウェルのプレートの表示に対応可能です。

パッケージバージョンは0.0.1。実行コマンドはR version 4.2.2で確認しています。

パッケージのインストール

下記、コマンドを実行してください。

#パッケージのインストール
install.packages("ggplate")

実行コマンド

詳細はコメント、パッケージのヘルプを確認してください。

#パッケージの読み込み
library("ggplate")

###データ例の作成#####
#tidyverseパッケージがなければインストール
if(!require("tidyverse", quietly = TRUE)){
  install.packages("tidyverse");require("tidyverse")
}
set.seed(1234)
#データの列名を"Value"と"well"にすると理解しやすいと思います
#3*4の12ウェルプレーの例
TestData <- tibble(Value = sample(c(1:3, NA), 12, replace = TRUE),
                   well = paste0(rep(c("A", "B", "C"), each = 4), 1:4))
########

#指定数のウェルプレートでプロット:plate_plot
#データを指定:dataオプション
#ウェル位置データ:positionオプション
#各ウェルの値:valueオプション
#シンボル:plate_typeオプション;"round","square"
#プレートサイズ:plate_sizeオプション;6,12,24,48,96,384
#色の指定:colourオプション
#タイトルラベル:tittleオプション
#タイトルサイズ:title_sizeオプション
#凡例の表示:show_legendオプション;TRUE/FALSE
plate_plot(data = TestData, position = well,
           value = Value, plate_type = "round",
           plate_size = 12,
           colour = c("#1b7a4f", "#8f887a", "#a6162b"),
           title = "からだにいいもの TEST",
           title_size = 12, show_legend = TRUE)

出力例

欠損値（NA）は色がありません

少しでも、あなたの解析が楽になりますように！！